Puerto Seco Santander—Ebro ocupa actualmente una superficie total de 105.000 m2, de los cuales 3.900 corresponden a naves industriales destinadas al almacenaje de componentes y mercancías a la realización de tratamientos de operaciones de PDI.

 Cuenta con 2 ramales ferroviarios de 275 m y un muelle de doble rampa, así como de un apartadero propio y zona de maniobras, para la recepción y expedición de vehículos por vía férrea. Dispone de una zona exclusiva para operaciones simultáneas de 24 camiones.

Existe un depósito aduanero para almacenamiento de vehículos, piezas o componentes procedentes de países no integrados en la Unión Europea. El control y seguimiento de las 5.000 plazas de aparcamiento se realiza mediante cámaras de vigilancia y de un programa informático de altas prestaciones.

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